Unico figlio maschio sopravvissuto di Filippo IV d'Asburgo e della sua seconda moglie Marianna d'Austria.

La sua nascita era stata accolta con gioia per i timori legati alla successione al trono spagnolo, dopo la morte del precedente erede, unico figlio maschio del re, Baltasar Carlos, nel 1646, a 17 anni.

Carlo era malaticcio e di debole costituzione e la credenza popolare, alla quale egli stesso credette, riteneva che fosse vittima di una maledizione.

Questa debolezza derivava, più probabilmente, dalla pratica di matrimoni tra consanguinei all'interno della dinastia degli Asburgo (molto frequente era il matrimonio tra primi cugini o tra zio e nipote), destinata a non disperdere i territori asburgici, ma tutt'altro che vantaggiosa dal punto di vista genetico.

La madre di Carlo era figlia della sorella del padre, Maria Anna di Spagna, che fu contemporaneamente zia paterna e nonna materna di Carlo. A questo si aggiungeva che Carlo discendeva per ben 14 volte da Giovanna di Castiglia denominata "Giovanna la Pazza" per la sua infermità mentale.

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